참회와 속죄의 성다와 민족화해센터는 한반도의 평화와 일치를 위해 기도하고 교육하는 장(場)을 마련하자는 김수환 추기경의 제안으로 1990년경부터 건립이 준비되었고, 성당은 2008년에, 센터는 2014년에 완공되었다. 성당의 이름은 민족의 화해와 일치를 위해 우리 자신의 참회와 속죄가 먼저 이루어져야 한다는 뜻이다.

성당의 외형은 평안북도 신의주 진사동 성당, 내부는 함경남도 덕원의 베네딕도 수도원의 한국 전쟁 이전의 모습을 각각 그대로 재현하였다. 또한 민족화해센터는 평양 외곽서포에 있던 메리놀 선교회 본부 건물을 복원하였다. 성당의 제대 위쪽유리 모자이크는 남한과 북한 지역의 순교자들이 평화의 복음을 선포하시는 그리스도왕께 한반도의 평화와 일치를 위해 한목소리로 전구하는 내용이다. 

성전 뒤편에는 하느님의 종 ‘제6대 평양교구장 홍용호 프란치스코 보르지아 주교’와 ‘초대 함흥교구장 신상원 보니파시오 사우어 대수도원장’의 문자와 관련 사진이 유리 모자이크로 새겨져 있다. 이 모자이크들은 성전을 건축한 사제와 북한의 미술 작가들의 합작품이다.

의정부 교구장 이기헌 베드로 주교는 2018년 6월 25일 이 성당을, 북녘의 순교자들을 위해 기도하는 ‘북한 지역의 순교자 기념 순례지’로 선포하였다.